A civil szervezetek non-profit alapítványok, melyek nem vállalkoznak, ebből kifolyólag nem kötelezettek adófizetésre, sem ÁFA fizetésre. Működési szabályzatuk azonban összetett, szigorú korlátok között mozognak, de bizonyos feltételek mellett illetékmentességben részesülhetnek.
Abban az esetben, ha egy adott civil szervezet az eljárási illeték esetén az eljárás megindítását megelőző adóévben nem folytatott vállalkozást, ebből kifolyólag pedig jövedelme után társasági adókötelezettsége nem származott, akkor a szervezet illetékmentességben részesül. Ezt az illetékről szóló 1990. évi XCIII. törvény foglalja magába, amely egyértelműen kimondja, hogy a civil szervezeteket teljes személyes illetékmentesség illeti meg.
Minden civil szervezetnek írásban kell nyilatkoznia az illetékmentességi jogosultságáról, amelyet az adóhatóságnak ellenőriznie kell, mielőtt bírósági eljárásba, vagy gépjármű vételbe kezdenének. A civil szervezetek számára illetékmentesen intézhető a nyilvánosságba vétel, a változásbejegyzés, a megszűnés, valamint a közhasznú jogállás nyilvántartásba vétele.
Előfordulhatnak olyan esetek is, hogy adott civil szervezetek társasági adó fizetésére kötelezettek, ebben a helyzetben azonban az illeték tárgyhoz kapcsolódóan kedvezményekben részesülhet. Ilyen például a visszterhes vagyonátruházási illeték, az ajándékozási illeték, az öröklési illeték, az eljárási illeték és az igazgatási, azaz bírósági szolgáltatások díja, a gépjármű és pótkocsi megszerzésére vonatozó illetékszabályok, valamint az adó- és vámhatósági eljárásokra vonatkozó illetékszabályok.
Bárminemű vagyonszerzés esetében az adóhatóság hivatalból köteles kivizsgálni a civil szervezet illetékmentességi jogosultságát. Ilyen helyzetekben a szervezeteknek igazolniuk kell azt, hogy a vagyonszerzést megelőző egy adóévben vállalkozási tevékenységet nem folytattak, ebből kifolyólag nincs adókötelezettsége.
Amennyiben a gépjármű vásárlása, pótkocsi beszerzése vagy egyéb vagyonszerzés akkor esedékes, amikor az előző évi adatok még nem állnak rendelkezésre, tehát olyan vagyonszerzésbe kezd a szervezet, ami alapvetően illetékköteles lenne, és erre a tárgy évet követő 150 napon belül kerül sor, akkor a szervezet vezetőjének mindenképpen írásban kell nyilatkoznia arról, hogy a civil szervezetnek ebben az évben előreláthatóan nem lesz adófizetési kötelezettsége. Amennyiben a későbbiekben kiderül, hogy a következtetés téves volt, tehát az adott civil szervezet nem jogosult adómentességre, illetve illetékmentességre, akkor az előző adóév utolsó napjától számított 180 napon belül van lehetősége a szervezetnek jelezni a tévedést az adóhatóságnak, ezáltal büntetés kiszabása nélkül az illetéket utólag is kifizetheti.
Ez természetesen fordítva is igaz. Amennyiben a civil szervezet gépjárművet, pótkocsit vásárol, vagy egyéb vagyonszerzést bonyolít le abban az időszakban, amikor az előző évi adatok még nem állnak rendelkezésre, tehát olyan vagyonszerzésbe kezd a szervezet, ami alapvetően illetékköteles lenne, és ezt az illetéket meg is fizeti, valamint erre a tárgy évet követő 150 napon belül kerül sor, akkor ha a későbbiekben kiderül, hogy illetékmentességre és adómentességre jogosult a szervezet, akkor a szervezet utólag érvényesítheti jogosultságát, és kérelmet nyújthat be az adóhivatal számára, hogy a kifizetett adót a NAV fizesse vissza.